Francesco Napolitano

Francesco Napolitano – Curriculum Vitae

Università degli Studi del Sannio

82100, Benevento, Italy

📧 francesco.napolitano@unisannio.it

📞 +39 3392874067

Last update: July 31, 2024

Short Bio

Francesco Napolitano è Professore Associato di Bioinformatica presso l'Università degli Studi del Sannio, Benevento. Ha una formazione in Informatica, con specializzazione in Analisi dei Dati e Machine Learning. I suoi principali interessi di ricerca riguardano l'applicazione di modelli computazionali per l'analisi di dati omici, in particolare trascrittomica, con applicazioni al Drug Discovery e alla modellazione delle malattie. Ha sviluppato e pubblicato strumenti software per l’analisi dei dati e la ricerca riproducibile ed è autore di 60 pubblicazioni scientifiche.

Posizioni di ricerca

Dic 2021 – Attuale: Professore Associato, Università degli Studi del Sannio, Dipartimento di Biotecnologie.

Mar 2019 – Dic 2021: Research Scientist, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Computational Bioscience Research Center.

Nov 2012 – Mar 2019: Senior Postdoctoral Researcher, Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM), Napoli.

Apr – Ott 2012: Research Fellow, Università di Salerno, Dipartimento di Informatica.

Mar 2010 – Mar 2012: Postdoctoral Researcher, Università "G. d’Annunzio" di Chieti-Pescara, Dipartimento di Scienze Mediche e Biotecnologiche.

Formazione

Ph.D. in Informatica (2009) – Università di Salerno. Tesi: Fast Search in Chemical Databases using Tanimoto Similarity Bounds and Clustering Techniques.

M.Sc. in Informatica (2006) – Università di Salerno, specializzazione in Modellazione. Tesi: An Interactive Approach to Hierarchical Clustering.

Summer Schools: 2008 – Univ. San Pablo – CEU, Madrid, Spagna (Advanced Statistics and Data Mining); 2007 – Università di Catania (Lipari International Summer School on Bioinformatics and Computational Biology).

Research Visits: Mar – Giu 2012: Visiting Postdoctoral Researcher, Institute of Biotechnology, Università di Helsinki; Mar – Set 2009: Visiting Ph.D. student, Institute of Genomics and Bioinformatics, University of California, Irvine.

Fellowship e Finanziamenti

2024 - Ongoing: ZInc signal modulation in cell models of NEuRoinflammation and brain injurY- ZINERgY (Minister of University - €343,800 total).

2023 – Ongoing: Drug repositioning for Retinitis Pigmentosa by an artificial intelligence application to single-cell transcriptomics (PRIN – €97,715 to the Research Unit).

2021 – 2022: A deconfounding adversarial classifier to encode gene expression profiles for drug repurposing (KAUST – $50,000).

2019 – 2020: Deep learning methods for the identification of drugs that inhibit breast cancer stem cell proliferation by inducing differentiation (KAUST – $100,000).

2019: Computational identification of drugs that inhibit breast cancer stem cell proliferation by inducing differentiation (Fondazione Umberto Veronesi – 1 anno di finanziamento).

2012: Integrazione di dati bioinformatici mediante Machine Learning e Computational Intelligence (Università di Salerno).

Attività didattica

2021 – oggi: Università degli Studi del Sannio – Docente di Bioinformatica (corso di Laurea Triennale in Biotecnologie e di Laurea Magistrale in Biologia) e Principi di Informatica (corso di Laurea Triennale in Scienze Biologiche).

2017 – 2018: TIGEM – Docente del corso di Systems Biology and Functional Genomics per il programma di dottorato SEMM.

2014: Università di Bologna – Docente della Summer School Chemical and genomics-based strategies in the discovery of novel drug targets.

2011: Università di Salerno – Assistant Lecturer per il corso di Computational Biology.

2007 – 2011: Università di Salerno – Tutor e Assistant Lecturer per Computer Architectures e Neural Networks.

Supervisione tesi

2023: Università del Sannio, Laurea Triennale in Bioinformatica (2 tesi).

2022: Università del Sannio, Laurea Triennale in Bioinformatica; King Abdullah University of Science and Technology, Master in Computer Science.

2017: SEMM - European School of Molecular Medicine, Dottorato in Systems Medicine.

2013: Università di Napoli Federico II, Laurea Magistrale in Informatica; Università di Salerno, Laurea Magistrale in Informatica.

2012: Università di Salerno, Laurea Magistrale in Informatica; Università di Salerno, Laurea Triennale in Informatica – Intelligenza Artificiale e Computazionale.

2011: Università di Salerno, Laurea Triennale in Informatica.

Attività Editoriale e di Revisione

• Associate Editor: Journal of Translational Medicine – Medical Bioinformatics Section (dal 2020); Frontiers in Artificial Intelligence (dal 2022); Frontiers in Big Data (dal 2022); Frontiers in Neurogenomics (dal 2021).

• Revisore per riviste scientifiche: Bioinformatics, Cell Systems, Journal of Cheminformatics, npj Systems Biology and Applications, Scientific Reports, PLOS One, BMC Bioinformatics, Drug Discovery Today, Hepatology, Molecular Biosystems, IEEE Transactions on Cybernetics, Neural Computing and Applications, etc.

• Revisione di progetti di ricerca: 2017-2018: Netherlands Organisation for Scientific Research; 2017-2018: Innovation and Technology Commission (Hong Kong).

Invited Talks

• 2018: King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Arabia Saudita. Black- and white-box approaches to omics data analysis in Drug Discovery.

• 2017: International School for Advanced Studies (SISSA), Trieste, Italia. Comparative Transcriptomics - pushing Data Analysis towards explaining rather than predicting cellular mechanisms.

• 2016: Microsoft Research & University of Trento - COSBI, Rovereto, Italia. Transcriptomic Tools for Drug Repositioning and Biological Investigation.

• 2015: Senato della Repubblica Italiana, Roma, Italia. Le nuove tecnologie nella ricerca sulle malattie rare (Conferenza pubblica sulle malattie orfane).

• 2014: Associazione Italiana di Neuroimmunologia, Bergamo, Italia. Strategie di riposizionamento dei farmaci: selezione dei candidati tramite Machine Learning.

Organizzazione conferenze

• 2024: Computational Intelligence for Bioinformatics and Biostatistics (CIBB), General Chair.

• 2010, 2011: Erasmus School in Microarray Data Analysis, Comitato organizzatore locale.

Sviluppo software scientifico

• gep2pep: R package (Bioconductor) per l’analisi di profili di espressione genica basati su pathway.

• repo: R package (CRAN) per la gestione di pipeline bioinformatiche.

• pyLeaf: Python package (PyPI) per la definizione di grafi ASCII-art per il data flow analysis.